Hasta el siglo XVIII en que comienzan a construirse las cárceles urbanas que concentran y mejoran las vidas de los presos, cada pueblo tenía la suya y el concejo se ocupaba de hacer que se aplicasen las penas impuestas.
Como se trataba de una competencia propia, las cárceles, junto a la carnecería, el salón de plenos y el archivo, formaban parte de las Casas del Concejo que es como se llamaba antes a los ayuntamientos.
La cárcel de Villarluengo se construyó, al mismo tiempo que el conjunto del edificio concejil de la mano de Francisco Comba (responsable de la cantería) y de Esteban de Mújica (en la albañilería) entre 1590 y 1593, según nos indica el historiador Jorge Martín.
Era un espacio blindado, con una puerta pequeña con dos cerraduras y dos cerrojos. Uno de ellos enorme para impedir efectivamente que se abriese desde dentro y el otro para cerrar el ventanuco por el que pasarían la comida o comprobarían el estado de los presos. Tiene foso, como en las cárceles de Fortanete y La Iglesuela.
Los delitos comunes para tres Baylías sanjuanistas, Cantavieja, Castellote y Aliaga (Villarluengo pertenecía a la de Cantavieja) eran: el homicidio, robo de ganado, robo de mujeres, violaciones, tala de campos, incendios,… en un momento en que el bandolerismo había proliferado causando serios problemas a los concejos.
